La saison 1 de Naruto prend fin après l'échec de la mission de l'équipe formée par Shikamaru. Naruto après sa cuissante defaite contre Sasuke se reveille à l'hôpitale Konoha, bander des pied à la tête tel une momie, tous ses coéquipiers sauf Shikamaru Nara dans un état critique. Malgré ses regrets et son coeur bléssé, Naruto est déterminer à tenir sa promesse tenue à Sakura et ramener Sasuke à konoha. Jiraya, lui propose de quitter Konoha pour un entraînement intensif de deux longues années pour perfectionner ses techniques et lui même.
Deux ans plus tard, Naruto revient à konoha après que son entraînement intensif est prit fin. Il retrouve Kakashi et Sakura. Après la formation de leur nouvelle équipe, Kakashi leurs faite passer le test des clochettes qu'ils réussiront contrairement à 3ans plus tôt. C'est alors que l'Akatsuki décide après 2 ans d'inativité de repasser à l'action en capturant Gaara qui lui est devenue le nouveau Kazekage...
C'est ainsi que commence la saison 2 du magnifique manga qu'est Naruto.
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